都道府県知事は、申請受理後、内容の審査を行い、対象患者であると決定したときは
「指定難病、小児慢性特定疾病医療受給者証」を管轄の保健所を経由して申請者に交付します。

なお、健康保険の種類や医療機関などを変更したときは、その都度変更届けを都道府県知事に提出しなければなりません。また、受給者が治癒、死亡などで受給資格が無くなったときや他の都道府県に転出したときは、遅滞なく受給者証を都道府県知事に返還しなければなりません。